您的问题可能存在以下特殊情况，会影响处理结果：1.房屋补贴属于“专项培训费用”的特殊情形：若劳动合同中明确约定房屋补贴为“专项培训费用”（如公司为劳动者提供住房作为培训福利），则服务期未满三年需退还的约定可能受《劳动合同法》第二十二条约束（仅在专项培训费用范围内支持退还）。此时，公司需举证证明补贴用于专项培训，否则退还主张可能不被支持。2.公司已为劳动者办理社保转移但拒开离职证明的情形：部分公司认为已办理社保转移即可替代离职证明，但根据《劳动合同法》第五十条，离职证明是独立于社保转移的法定义务，该情形不影响劳动者要求公司出具离职证明的权利。3.双方已就补贴退还达成口头协议的情形：若劳动者与公司口头约定“退还部分房屋补贴后公司出具离职证明”，但公司未履行承诺，劳动者需提供口头协议的证据（如录音、聊天记录），否则可能无法要求公司按约定履行。
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您的问题中可能存在以下法律风险点，需引起重视：1.公司主张“租金补贴需一并退还”的风险：若劳动合同中仅约定“房屋补贴”需退还，但公司以“房屋补贴包含租金补贴”为由要求一并退还，且劳动者无法提供证据证明两者为独立补贴（如工资条中分别列项），可能面临被要求退还租金补贴的风险。例如：工资条中仅标注“住房补贴”1000元，未区分房屋租金补贴，公司可能主张该补贴全部需退还。2.因无离职证明导致新工作无法入职的风险：若公司长期拒开离职证明，新用人单位可能因无法确认劳动者与原公司已解除劳动关系而拒绝录用，导致劳动者错失就业机会。例如：新公司要求提供离职证明作为入职材料，劳动者因无法提供被取消录用资格。
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您提到的“公司因未退补贴不给离职证明是否合法”的问题，可依据《劳动合同法》相关规定进行分析。根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定：“用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。”该条款明确了用人单位出具离职证明是法定强制性义务，无论双方是否存在补贴退还纠纷，均需依法履行。公司以“未退还补贴”为由拒绝出具离职证明，违反了上述法律规定，劳动者有权要求公司立即出具。此外，若劳动合同对房屋补贴的退还条件有明确约定（如“服务期不满三年需退还”），公司可就补贴退还问题另行主张权利，但不得以此阻碍离职证明的出具。
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针对您咨询的“签订劳动合同时约定不到三年需退还房屋补贴，租金补贴是否需退还及公司因未退补贴不给离职证明是否合法”的问题，以下为您分析不同情况的处理方式。1.若房屋补贴与租金补贴在劳动合同中为同一性质（如均属于“住房相关补贴”且约定“不到三年需退还”），则租金补贴需按约定退还；2.若劳动合同仅明确“房屋补贴”需退还，未提及“租金补贴”，则租金补贴无需退还；3.公司因未退补贴不给离职证明的行为不合法，离职证明是用人单位的法定义务，与补贴退还纠纷无关。

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